חודשיים בלבד לאחר שעלה לארץ ישראל, הרב קוק התבקש להספיד את הרצל "אויב הדת". היישוב עצר את נשימתו. ואולם, הדברים שנשא פתחו צוהר לשילוב תקדימי בין לאומיות והשכלה, לבין קיום מצוות ותורה
ביום שישי, כ"ח באייר תרס"ד (13.5.1904), הגיעה ספינה לנמל יפו ועליה עמד מי שיהיה לימים רבה הראשי של ארץ ישראל ואחד מהוגי הדעות החשובים ביותר שקם לעם היהודי בעת החדשה: הרב אברהם יצחק הכהן קוק.
הקהל המגוון שעמד וקיבל את פניו, בני היישוב חדש, קיווה שהרב קוק יצליח לנווט בין החילוניים והדתיים, הקפיטליסטים והסוציאליסטים, האשכנזים והספרדים, המשכילים והחרדים. איש לא שיער עד כמה מרחיקות לכת יהיו תוצאות המפגש בין הנפש הפיוטית, הנטועה בעולם האגדה, הקבלה והסוד ובין ניסיונותיה של האומה היהודית לחדש את חייה בארץ-ישראל.
ימי החסד שהיו לרב קוק להוכיח עצמו בתפקידו המורכב היו קצרים. כחודשיים לאחר בואו ארצה הגיעה הבשורה המרה על מותו של המנהיג הלאומי בנימין זאב הרצל (שנפטר לאחר שנת פולמוס עזה על רקע הצעתו להתיישבות יהודית באוגנדה). בריאותו הרופפת, העבודה הקשה, המאבקים והתככים בתנועה הציונית הכריעו את חוזה המדינה.
פטירתו היתה אסון כבד לעם היהודי. היו מי ששנאוהו והשמיצוהו; אחרים ראו בו דמות משיחית; ועל כל פנים, מותו נתפס כתהום הנפערת בפני התנועה הציונית כולה. בתום השבעה התכנסה ביפו אסיפה לזכרו בבנק אפ"ק, והרב קוק נקרא להספידו. הוא הבין את מורכבות האירוע ואת הצורך של הקהל לשמוע דברי נחמה, ואולם הבין גם את הרגישות של העולם החרדי (הרב קוק תיאר את שיקוליו ומחשבותיו במכתבו לחותנו, המקובצים בספרו "גנזי הראיה").
אלה האחרונים לא שכחו את רעיונותיו הקדם-ציוניים "לפתור את שאלת היהודים" באמצעות תנועת התנצרות המונית; את ניסוחיו התיאולוגיים שהיו דומים לאלה של שפינוזה – "המנודה" ההיסטורי; ואת הסממנים הנוצריים של חינוך ילדיו, התבטאויותיו כמנהיג ציוני על מקומה המוגבל של הדת ואי-פסילתו את נישואי התערובת.
ניתן אפוא להניח כי היענותו של הרב קוק לבקשת ההספד היתה אמביוולנטית. הוא ידע כי תוכן דברי ההספד שלו ייבחן על-ידי רבים. לאדר"ת (חותנו, הרב אליהו דוד רבינוביץ תאומים – ששימש כרבה של ירושלים) הסביר כי החליט לעשות כן בשל מורכבות תפקידו, המחייב אותו לקשר עם הקבוצות השונות בעם. הוא קיבל החלטה "להיות מתלמידיו של אהרון אוהב שלום ורודף שלום", והכיר בכך שניסיון לקרב בדרך "צעקות ומריבות" או הטפת מוסר – לא יצלח.
הרב קוק נשא את הספדו בעברית (נקודה לזכותו בעיני היישוב החדש); לא הזכיר את שמו של הרצל לאורך כל ההספד (נקודה לטובתו בעיני החרדים); ולתדהמת שומעיו, הבהיר את חשיבותו של משיח בן יוסף (הוא הרצל) ואת זיקתו למשיח בן דוד בעתיד.
קהל גדול עמד ברחבת ההספדים כשהרב קוק פתח בדבריו: "למה אנו צריכים לשני משיחים, משיח בן יוסף ומשיח בן דוד?"; האם אין די במשיח בן-דוד, שאל. ומיד אחר כך השיב: יש להבחין בין החומר לרוח, או בין הגוף לנפש. החלוקה הנכונה לגבי האדם (המורכב מגוף ונפש) נכונה גם לגבי האומה. הפן החומרי חיוני לעולם הרוח ודרוש "לטובת האומה". בלעדיו אין האומה יכולה להתקיים ואין ישראל יכולים להיות "עם קדוש לה'" או "אור לגויים", ואולם קיים גם הפן הרוחני.
באירוע כה פומבי הוא לא טען כי ציון (הרוח) עולה על ירושלים (החומר), כפי שכתב במקומות אחרים. בהספדו טען שהרוח עולה על החומר וצריכה להוביל. ואולם, הוסיף באותה נשימה: גם אם "משיח בן דוד" מבטא את התכלית הרוחנית –שאליה אנו נכספים – זו לא תוכל להגיע למימוש ולפיתוח אם לא יושלמו המסגרת והאמצעים החומריים "הנדרשים לאומה שלמה ומשוכללת". זהו תפקידו של "משיח בן יוסף".
מדוע נפטר משיח בן יוסף? שאל הרב קוק, מה גרם למותו של הרצל? הסיבה לכך, ענה, היא המחלוקת הקיימת בחברה היהודית. הבעיה המרכזית היא אי הבנת הצורך לשלב כוחות; זוהי תוצאה של צמצום רוחני והתבוננות צרה וחד-ערכית על המציאוּת וההיסטורי ושל העדר הבנת אחדותם של "ההפכים" החומרי והרוחני.
מה המקור לצרוּת האופקים הזאת? הגישה הגלותית. בחשיבה הגלותית נתפסו ההשכלה והלאומיות באופן מעוות כאויבות קיום תורה ומצוות; הרוח מתנגדת לרוח. במצב כזה "אי אפשר לו [למשיח בן יוסף] להתקיים, על כן עתיד משיח בית יוסף להיות נהרג". רק לאחר מותו יעמדו הכול על גודל "העיוות".
במצב ההיסטורי שבו אנחנו נמצאים יש מרירות רבה, אך עולות ממנו תובנות חדשות ומעמיקות. הצמצום הזה גרם עד כה לכך "שלא הצליחה [התנועה הציונית והיהודית] במעשיה, עד שחסרון ההצלחה גרם לסכסוכי דעות וריב אחים, שהלכו בדרך מסוכנה כזאת עד שהמנהיג הראשי נפל חלל". הוא קרא להתאחד ולצרף יחדיו את "עץ יוסף ועץ יהודה". יש לשמוח בהתעוררות החומרית "ולדעת שהתכונה הזאת [הפיזית] אינה תכליתם של ישראל", אלא אמצעי להתעוררות הרוח.
מילים אלו, היו רק הסנונית להגותו הציונית הרדיקאלית בעצמתה ובחדשנותה של הרב קוק, שהעצים את מפעלו החסר תקדים של הרצל בתיאולוגיה וקבלה, פיוט אגדה והלכה. הגות, שהעניקה למפעלו של הרצל עצמה רוחנית עמוקה ביותר, שדברי ההספד הללו – שהדהימו את הנוכחים – היו רק הקדימון להם.